Lai arī Zemkopības ministrijas 2009.gada pārskats sniedz patiesu priekšstatu par tās finanšu stāvokli, tomēr būtiski pilnveidojama padotības iestāžu darbības uzraudzība.
Tā uzskata Valsts Kontrole pēc veiktās revīzijas Zemkopības ministrijā (ZM). VK atzīst ZM veiktās darbības iepriekšējā gada finanšu revīzijā konstatēto kļūdu un nepilnību novēršanā. Revīzijā nav atklātas būtiskas neatbilstības, kas ietekmētu ZM gada pārskatu, tomēr joprojām tiek konstatēti gadījumi, kad ZM un tās padotības iestādes nav ievērojušas normatīvo aktu prasības vai nav nodrošinājušas valsts budžeta līdzekļu efektīvu izlietošanu.
VK konstatējusi, ka Lauku atbalsta dienesta (LAD) izveidotā Nacionālo subsīdiju izmaksu sistēma nenodrošina budžeta izdevumu pietiekamu kontroli, jo aprēķini tiek veikti manuāli, kā rezultātā, piemēram, 2009. gadā valsts atbalsta saņēmējiem nepamatoti izmaksāts atbalsts 50,4 tūkstošu Ls apmērā. Konstatēts, ka LAD nelietderīgi izlietojis 18,4 tūkstošus Ls, 2008. gadā avansā samaksājot pilnu samaksu par Oracle licenču uzturēšanu līdz 29.11.2010., kas vēlāk atzīts par nevajadzīgu pakalpojumu. Fiskālo disciplīnu nodrošinošo tiesību aktu pārkāpumi konstatēti arī Valsts tehniskās uzraudzības aģentūrā (VTUA), kura avansa maksājumos ir pārmaksājusi 39,7 tūkstošus Ls.
VK revīzijas ziņojumā norāda arī uz nepietiekami izsekojamo LAD reorganizācijas procesu, jo centralizētās grāmatvedības ieviešanu reglamentējošie tiesību akti ir pretrunīgi, un grāmatvedības uzskaiti joprojām veic arī reģionālo struktūrvienību darbinieki. Valsts meža dienests (VMD) pērn veicis maksājumus 2301,36 Ls apmērā par transportlīdzekļa nomu, kuru darbinieks lielākoties ir izmantojis savām vajadzībām. VK atkārtoti norāda uz nepieciešamību pilnveidot VMD transportlīdzekļu izmantošanas politiku. VK arī norāda, ka Latvijas lauksaimniecības universitāte (LLU) pārskata posteni Debitori uzrādījusi par 14 tūkstošiem Ls lielākā apmērā, jo nav veikusi nedrošo (šaubīgo) pircēju un pasūtītāju parādu izvērtēšanu un tiem atbilstošu uzkrājumu veidošanu.
Tā ZM un tās padotības iestādes, neievērojot normatīvo aktu prasības, 2009.gadā ir veikušas nodokļu pārmaksu Ls 1,02 miljonu Ls apmērā, tajā skaitā par iedzīvotāju ienākuma nodokli - 146 tūkstošus Ls un valsts sociālās apdrošināšanas obligātajām iemaksām - 272 tūkstošus Ls. Veicot finansējuma pārdali budžeta programmas vai apakšprogrammas ietvaros starp izdevumu pozīcijām, ZM 2009.gadā ir piešķīrusi papildu finansējumu 258 tūkstošu Ls apmērā tādu izdevumu segšanai, kurus bija iespējams iepriekš plānot un prognozēt. VK arī aicina ZM sakārtot darba attiecību noformēšanas un darbinieku uzskaites sistēmu, jo revīzijā tika konstatēti gadījumi, kad darba līgumi ir slēgti ar štatu sarakstā neiekļautiem darbiniekiem; par vienādu darbu veikšanu tiek slēgti gan darba, gan uzņēmumu līgumi; darbiniekam kā ārštata ekspertam tik noteikta lielāka amatalga nekā štata darbiniekam par to pašu uzdevumu veikšanu u.c.