Latvijas likumdevējs ir veicis un turpina veidot nodokļu sistēmas pilnveidošanu, harmonizējot nodokļu sistēmu ar Eiropas Kopienu (EK) tiesību prasībām. Tomēr nodokļu likumos vēl arvien ir sastopamas tiesību normas, kas neattaisnoti rada šķēršļus Eiropas Savienības vienota tirgus darbībai un tādejādi veido EK tiesību pārkāpumus.
Tā piemēram, neviennozīmīgā likuma normu formulējuma dēļ, piemērojot tiesību normas par nerezidentiem izmaksājām dividendēm, ir iespējams nonākt pie EK tiesību pārkāpuma. Saskaņā ar likumu Par iedzīvotāju ienākuma nodokli dividendes, ko Latvijas rezidents izmaksā fiziskajai personai – Latvijas rezidentam, ir atbrīvotas no iedzīvotāju ienākuma nodokļa. Likums nosaka, ka ārvalsts nodokļa maksātāja (nerezidenta) ar nodokli apliekamais ienākums ir dividendes saskaņā ar likumā Par uzņēmumu ienākuma nodokli noteikto likmi. Pastāvot šādam likuma normas formulējumam, dividenžu izmaksātājs – Latvijas rezidents, ietur dividenžu izmaksas brīdī ienākuma nodokli 10% apmērā (likumā Par uzņēmumu ienākuma nodokli noteiktā likme) no nerezidentam izmaksājamās dividenžu summas. Rezultātā tiek radīts būtisks ierobežojums pārrobežu ieguldījumiem, kas nav savienojams ar EK tiesību normām.
Reaģējot uz likumā ietvertā regulējuma neatbilstību EK tiesībām, Eiropas Komisija ierosināja pārkāpuma procedūru pret Latvijas Republiku un lūdza sniegt paskaidrojumus. 2008.gada 15.aprīļa atbildē Latvijas valdība paziņoja, ka Latvijas Republika neatzīst Eiropas Komisijas norādīto pārkāpumu. Latvijas valdība argumentēja savu pozīciju atsaucieties uz likumu Par uzņēmumu ienākuma nodokli.
Saskaņā ar minēto likumu dividendes, ko Latvijas rezidenti izmaksā citu ES dalībvalstu vai Eiropas Ekonomikas zonas (EEZ) valstu rezidentiem, ir atbrīvotas no nodokļu uzlikšanas, bet no dividendēm, kas tiek izmaksātas trešo valstu rezidentiem, tiek ieturēts nodoklis 10 procentu apmērā. Tādējādi tiek secināts, ka dividendes, ko Latvijas rezidents izmaksā fiziskajai personai – Latvijas rezidentam, un dividendes, ko Latvijas rezidents izmaksā fiziskajai personai – citas ES dalībvalsts vai EEZ valsts rezidentam, arī ir atbrīvotas no iedzīvotāju ienākuma nodokļa. Latvijas valdība tomēr atzina, ka likuma norma var būt neskaidra likuma lietotājiem (iedzīvotājiem) un, lai to padarītu skaidrāku, līdz 2008.gada 31.decembrim valdībā tiks iesniegti grozījumi likumā Par iedzīvotāju ienākuma nodokli.
Diemžēl prakse rāda, ka, likums spēkā esošajā redakcijā radīja grūtības piemērošanā ne tikai nodokļu maksātājiem, bet arī pašai nodokļu administrācijai un arī joprojām praksē diskriminācija no nodokļu administrācijas puses netiek atzīta. Šobrīd, atbilstoši valdības apstiprinātajai nostājai, nodokļu administrācijai vajadzētu konsekventi reaģēt uz iedzīvotāju iesniegumiem par nepamatoti ieturētā nodokļa atmaksāšanu.
Vēl viens piemērs, kad Latvijas tiesību normu piemērošanas rezultātā tiek pārkāptas EK tiesības, attiecas uz apliekamā ienākuma koriģēšanu par procentu maksājumiem. Saskaņā ar likumu Par uzņēmumu ienākuma nodokli, procentu maksājumi par aizņēmumu, kas ir saņemts no Latvijas rezidenta ir atskaitāmi, kā jebkurš saimnieciskās darbības izdevums. Savukārt procentu maksājumi par aizņēmumu, kas ir saņemts no nerezidenta, ir atskaitāmi tikai tad, ja to pieļauj likumā noteiktie ierobežojumi (t.s. nepietiekamās kapitalizācijas noteikumi). Minētais regulējums veido EK tiesību pārkāpumu kapitāla brīvās aprites jomā, jo ierobežojumi nepamatoti attur Latvijas uzņēmumus no tiešu ieguldījumu, aizņēmumu un kredītu saņemšanas no nerezidentiem.
Jāatzīmē, ka apliekamā ienākuma koriģēšana par procentu maksājumiem nav jāveic, ja starp Latviju un nerezidenta mītnes valsti ir noslēgta konvencija par nodokļu dubultās uzlikšanas un nodokļu nemaksāšanas novēršanu attiecībā uz ienākuma un kapitāla nodokļiem. Neapšaubāmi, konvencijas noteikumu piemērošana ir veids kā izvairīties no diskriminējošo likuma Par uzņēmumu ienākuma nodokli normu piemērošanas. Tomēr diskriminējošās tiesību normas ir spēkā esošās, turklāt tās praksē tiek piemērotas attiecībā uz tām ES dalībvalstīm, ar kurām konvencija nav noslēgta (Kipra un Itālija). Līdz ar to nebūtu pārsteidzoši sagaidīt, ka arī par šo regulējumu Eiropas Komisija ierosinās pārkāpuma procedūru pret Latvijas valsti.
Diskriminējošās normas nav tik liela problēma pati par sevi, kā augstākstāvošu EK tiesību normu praktiskā piemērošana. Diemžēl ne visas EK tiesību normas tieši rada tiesības un pienākumus fiziskām un juridiskām personām, tādejādi, lai uzņēmējs vai investors varētu paļauties uz šīm EK tiesību normām, ir jārēķinās ar samērā ilgstošu un piņķerīgu procesu. Ņemot vērā īpaši to, ka pret citas dalībvalsts rezidentu vērstā diskriminācija jāvērtē un likuma normas jāpiemēro darījuma otrajā pusē iesaistītajam rezidentam, šādu jautājumu risināšana parasti ieilgst.
Vienīgais veids, kā nodokļu maksātājam būt drošam, ka viņš, piemērojot augstākstāvošas EK tiesību normas neriskē ar papildus nodokļa, soda naudu un nokavējuma naudu uzlikšanu, ir uzziņas pieprasīšana. Tomēr, kā jau zināms uzziņas pieprasīšana teorētiski prasa vienu mēnesi, bet praktiski tie ir divi, trīs mēneši, vai pat gads un vairāk.
Lai nāktu pretīm nodokļu maksātājiem un vienlaicīgi arī atvieglotu darbu tiesām, ir nepieciešams panākt, lai nodokļu administrācija spētu savlaicīgi identificēt šīs problēmas, informētu reģionālās iestādes, informētu nodokļu maksātājus un kas pats svarīgākais – piemērotu EK tiesības savā praksē, veicot nodokļu auditus, izsniedzot uzziņas vai pārskatot zemākstāvošas VID iestādes lēmumus.