Eiropas Zivsaimniecības fonda vadības efektivitāte nav pilnībā izvērtējama, jo fonda finansējuma sadale pa prioritārajiem virzieniem nav pamatota ar dokumentētu ekonomisko pamatojumu un situācijas izvērtējumu, kā arī ne visi rezultatīvie rādītāji raksturo noteikto mērķu sasniegšanu. Lauku atbalsta dienests (LAD) nav pietiekami kontrolējis fonda līdzekļu apjomu, secinājusi Valsts kontrole (VK).