Nomaksāt NĪN iespējams pašvaldības norēķinu punktos, bankā, internetbankā. Maksājumu veicot internetbankā, būtiski ir pārliecināties, vai pārskaitījums adresēts pašvaldībai, kas izsūtījusi paziņojumu par NĪN nomaksu. Pārskaitījums veicams uz kādu no tiem pašvaldības kontiem, kas norādīti sagatavotajā maksāšanas paziņojumā.
NĪN nomaksai var izmantot arī epakalpojumi.lv vai latvija.lv. Abos portālos pieejami pašvaldību banku konti NĪN samaksai, kā arī nodokļa maksātājam automātiski uzrādās visa nepieciešamā informācija maksājuma veikšanai.
Saskaņā ar likumu par laikā neveiktu maksājumu tiek aprēķināta nokavējuma nauda 0,05% apmērā no nesamaksātās summas.