Kopš 2010. gada decembra aviokompānija pieņēmusi darbā 17 ārvalstu pilotus, pārsvarā no Itālijas, Somijas,Nīderlandes un Spānijas. Pavisam nesen Estonian Air slēgusi līgumus ar vēl astoņiem pilotiem.
Laikraksts pauž, ka Estonian Air samaksas nosacījumi saniknojuši Igaunijas un Krievijas pilotus, jo ārvalstu pilotiem lidsabiedrība apmaksā uzturēšanās izdevumus, kā arī taksometra braucienus uz darbu, tajā pašā laikā igauņiem un krieviem šādas priekšrocības netiek sniegtas.